Celem Akatsuki jest dominacja nad światem. Aby to osiągnąć Pain stworzył plan, składający się z trzech etapów:

    * Pierwszy to zebranie potrzebnych na utrzymanie organizacji funduszy.
    * Drugi to złapanie wszystkich ogoniastych demonów (od Shukaku przez Nekomata po Kyuubiego). Aktualnie w posiadaniu Akatsuki jest siedem z nich.
    * Trzeci, polega na wykorzystaniu zdobytych pieniędzy i utworzeniu pierwszej w świecie shinobi "Najemnej Organizacji Wojennej", niepodległej żadnej z wiosek. Jej zadaniem jest dostarczenie klientowi odpowiedniej liczby ninja. Oferta kierowana jest głównie do małych państw i wsi toczących wojny. Początkowo, aby zebrać pieniądze i wyrobić sobie odpowiednią opinie organizacja będzie przyjmowała wszystkie zgłoszenia za niewielkie wynagrodzenie. Żeby wywołać większe konflikty będzie wykorzystywała Bijuu, nad którymi tylko ona ma kontrolę. W ten sposób zniszczą system "osad shinobi" większych państw i zmuszą wszystkich do polegania na Akatsuki.

Mimo to Pain ma własny, ukryty plan. Okrutnie doświadczony przez życie ma zamiar zebrać wszystkie bestie i stworzyć z nich ostateczną zakazaną technikę, którą będzie sprzedawał innym krajom jako broń masowego rażenia. Plan jest bardzo podobny do poprzedniego, gdyby nie to, że jego celem jest zniszczyć znaczną część ludzkości, a resztę trzymać w strachu. Przez to chce on zakończyć wojny i nauczyć ludzi bólu, jakiego on sam doświadczył.